Pentru doi ani se va afla la Sibiu, baronul Samuel von Brukenthal contractându-l ca bibliotecar şi medic personal. Unii cercetători susţin că aceasta este perioada în care el începe a experimenta noua sa metoda medicală, homeopatia.
Se mută în Saxonia în 1781, lucrând ca doctor de ţară. În paralel a lucrat ca şi traducător. În 1835 ajunge la Paris. Aici începe a studia greşelile făcute de medicina din vremea sa. În 1811 revine la Leipzig unde a predat medicina.
Este creatorul homeopatiei (medicina alternativă bazată pe folosirea elementelor din natură pentru curarea bolilor). În 1807 publică lucrarea „Indicaţii privind folosirea medicală a homeopatiei în practica ordinară”, folosind pentru prima dată, conceptul de homeopatie. În 1810 publică lucrarea „Organonul artei tratării”, unde fundamentează homeopatia.
A murit la Paris în 1843. A fost căsătorit şi a avut unsprezece copii.
