Este repartizat ca profesor la Aiud dar de aici revine repede la Sibiu, unde a predat istorie la Colegiul Gh. Lazăr. În 1948 a fost numit director al Muzeului Brukenthal, fiind primul director al acestei instituţii, după naţionalizare.
El va fi cel care a salvat instituţia, restaurând Palatul Brukenthal, organizând laboratoarele de restaurare – conservare, înfiinţând reviste şi compendii de studii şi cercetări („Muzeul Brukenthal – studii şi comunicări”, „Forschungen zur Volks-und Landeskunde”), achiziţionând o serie de muzee, clădiri şi terenuri care îi va permite să deschidă un muzeu nou de o altă dimensiune. Tot el este cel care va atrage nenumăraţi cercetători şi specialişti de valoare spre a lucra în cadrul muzeului. A fost cel care a organizat primele expoziţii ale muzeului de istorie sau ale muzeului de etnologie din Pădurea Dumbrava.
În aceeaşi perioadă va dezvolta cea mai importantă activitate arheologică a sa. El a descoperit cetatea dacică de la Tilişca. Tot el este cel care a înfiinţat secţia Academiei Române de la Sibiu, în 1956 (actualul Institut de Cercetări Socio-Umane).
În 1969 reuşeşte a înfiinţa Facultatea de Filologie şi Istorie din Sibiu, secţie a Universităţii din Cluj. Este elementul din care după Revoluţie se va organiza Universitatea „Lucian Blaga” din oraşul nostru. A fost primul decan al acestei facultăţi. El va deschide şi alte secţii la Sibiu.
În 1969 se retrage din funcţia de director al Muzeului Brukenthal, iar în 1970 din funcţia de director al institutului academic. În 1981 a primit o bursă de cercetare „Humbold”. La Universitate va preda până în 1999. Un an mai târziu, va primi distincţia de „Doctor Honoris Causa”. Este considerat unul dintre cei mai importanţi specialişti ai României în istoria dacilor şi a romanilor.
Unul dintre copii săi, a decis a fugi din România, ca o consecinţă, Nicolae Lupu va fi marginalizat de către autorităţile comuniste.
A fost membru al Societăţii de Ştiinţe Istorice din România, al ”National Trust of Historic Preservation” din S.U.A. şi al Societăţii de Studii Clasice din România.
A publicat peste 150 de lucrări şi studii.
A murit la Sibiu în 2001. A fost căsătorit şi a avut doi copii. În prezent, Facultatea de Istorie din Sibiu îi poartă numele.
A fost un MARE OM! Ma bucur enorm ca mi-a fost profesor de greaca veche in 1999 si ca, astfel, am avut ocazia sa il cunosc! Mi-a trezit interesul, inca inainte sa-i stiu activitatea. M-a impresionat totul la el! Este unul din profesorii mei cei mai dragi! Si mltumesc, Razvane pentru ca mi l-ai readus in memorie si nu numai mie! Multumesc, DOMNULE profesor!
Regretatul profesor Nicolae Branga ne spunea ca el i-a cunoscut pe toti marii istorici de istorie veche din Romania anilor 1960-2000, dar cei care s-au ridicat cel mai sus, ca nivel stiintific, au fost I.I. Russu si Nicolae Lupu.
A condus peste 20 de ani Muzeul Brukenthal, ale carui colosale colectii le-a pus in valoare. A salvat biblioteca muzeului de marea epurare bolsevica a bibliotecilor, de la inceputul anilor 50. In timpul lui, prin anul 1962, s-a inceput si muzeul din Dumbrava. Tot el a infiintat institutul Academiei si primele facultati laice din Sibiu (Istoria, Filologia, Dreptul administrativ), care au evoluat apoi spre actuala universitate. A ocrotit realmente mari intelectuali persecutati politic care au putut lucra. Unii sunt astazi pe actualele liste de cei mai mari sibieni, cum ar fi Gustav Gundisch. Pentru cultura si stiinta din Sibiu a facut ENORM.
Multumesc, domnule Razvan POP! Ca nu uitati si adesea amintiti de realizarile bunicului meu! Ca doresc succes atat in activitatea administrativa cat si in cea cultural-stiintifica! Cele mai bune ganduri!
Gratian LUPU